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SimBiology, 生物系統模擬工具箱

Introduction
生物系統模擬工具箱讓生物學者在一個完整的環境下模擬、建模、及分析生化路徑,藉由手動鍵入各項物種、參數、反應、規則、生物學法則、及單位等數值資料,就可以建立屬於自己的模型;或是讀取Systems Biology Mark-Up Language (SBML)底下的模型。使用者可以利用隨機或者定性來模擬模型的狀態,而且可以透過參數估計和敏感度分析來分析整個生化路徑。

本工具箱使用需搭配MATLAB。

Key Features

  • 提供模塊圖表編輯器可用來建構路徑
  • 提供參數估計和敏感度分析之工具
  • Stochastic、stiff deterministic和nonstiff deterministic的求解功能
  • 模型元件;包含:物種、各項參數、反應、規則、生物學法則、及單位等數值資料
  • 儲存具有模擬設定及使用者定義型態的Project files的模型